Служебная биография
Вероятно, входил в Особый двор Ивана Грозного. В 1577 г. Голова в царском полку в Ливонию в апреле 1577 г. Стольник в 1588/89 гг. В декабре 1589 г. в походе царя Федора в Новгород находился среди стольников ясаулов. В мае 1598 г. был среди стольников в головах и есаулах (Разрядная книга 1475–1598 гг. М., 1966. С. 352, 416, 529; Разрядная книга 1475–1605 гг. Т. 2. Ч. 3. М., 1982. С. 449; Станиславский А.Л. Труды по истории государева двора в России XVI–XVII веков. М., 2004. С. 206).
Кравчий и окольничий, в 1598 г. присутствовал на Земском соборе, избравшем царем Бориса Годунова (Акты, собранные в библиотеках и архивах Российской империи Археографической экспедицией Императорской Академии наук. Т. 2. СПб., 1836. С. 42).
Землевладение
За боярином Иваном Ивановичем Годуновым с боярыней женой Ориной Никитичной в Селецком стане Тарусского уезда была старинная вотчина сельцо Нахабна (Порусуково) на р. Оке (180 четвертей). Да за Ориною в Мышецком стане того же уезда вотчина (50 четвертей) (РГАДА. Ф. 1209. Оп. 1. Кн. 10334. Л. 294, 373; Кн. 867. Л. 393).
Купил у И.Т. Корсакова с сыном деревни Круги, Юрьев дуб и прочие деревни и пустоши (66 четверти худой земли) в Раменской волости Коломенского уезда, а затем эта вотчина досталась боярину М. А. Нагому (Акты служилых землевладельцев XV–начала XVII в. Т. 2. М., 1998. № 168).
Вклады землевладельца в монастыри, вклады по землевладельцу родственников
Боярин И. И. Годунов дал Иосифо-Волоколамскому монастырю по себе и отце 50 руб. (РГАДА Ф. 181. Оп. 2. Д. 141/196. Л. 98-98 об.).
