Служебная биография
В Дворовой тетради из Вязьмы (Тысячная книга 1550 г. и Дворовая тетрадь 50-х годов XVI в. М.; Л., 1950. С. 187).
В феврале 1551 г. в Смоленске годовал третьим воеводой (Разрядная книга 1475–1598 гг. М., 1966. С. 130).
Землевладение
За И. И. Годуновым до 1594-1595 гг. в стане Холмец Каменский Вяземского уезда поместье село Холмец с 5 деревнями, 5,5 пустошами (81 четверть доброй земли), сельцо, что была деревня Вепрево с 4 деревнями и 4 пустошами (143 четверти доброй земли), пустошь, то была деревня Кузнецово (24 четверти доброй земли) (РГАДА. Ф. 1209. Оп. 1. Кн. 619. Л. 447-456; РГАДА. Ф. 281. № 1738/42).
Вклады землевладельца в монастыри, вклады по землевладельцу родственников
1 сентября 1559 г. И. И. Годунов дал Троице-Сергиеву монастырю 50 руб. (Вкладная книга Троице-Сергиева монастыря. М., 1987. С. 121).
По И. И. Годунову, в иночестве Ионе, корм 8 мая в Спасском Ярославском монастыре (Книга кормовая из Ярославля Поволгского Спасова монастыря // Вахрамеев И. А. Исторические акты Ярославского Спасского монастыря. Т. 3. М., 1896. С. 30).
Другие сведения
И. И. Годунов, в иночестве Иона, вероятно, был похоронен в Костромском Ипатьевском монастыре, где хранился покров на его гробницу (Соколов М.И. Переписныя книги Костромскаго Ипатиевскаго монастыря 1595 год. М., 1890. С. 45).
