Родители
В Шелонской пятине в конце XV в. упомянут помещик его отец Истома Нащокин (Новгородские писцовые книги. Т. IV. СПб.,1886. С. 317, 319; Т. V. СПб., 1905. С. 8, 10, 11).
Служебная биография
Сын боярский дворовый второй статьи из Щирского погоста Шелонской пятины Новгорода (Тысячная книга 1550 г. и Дворовая тетрадь 50-х годов XVI в. М.; Л., 1950. С. 91).
По Боярской книге 1556/57 г. был волостелем-кормленщиком в Берендеевском стане Дмитровского уезда с 29 июня 1552 г. до 20 июля 1553 г. и с 29 июня 1554 г. до 20 июля 1555 г. Записан в 17 статью, оклад в 20 руб. Поместья за ним 25 обеж, вотчины не сыскано. Участвовал в Серпуховском смотре войск в июне 1556 г. (Русский дипломатарий. Вып. 10. М., 2004. С. 87). После Берендеева Нащокин был послан для осадного дела в Корелу, где находился до 17 ноября 1555 г., когда ему было предписано «идти на нашу службу с нашими воеводами в неметцкие места» (Дополнения к актам историческим. Т. 1. СПб., 1846. С. 127).
В 1558 г. в походе на Новгород Немецкий и Юрьев голова при втором воеводе большого полка. В марте 1559 г. в разряде похода против Девлет-Гирея голова из новгородских помещиков в большом полку. В январе 1560 г. в походе к Алысту голова в наряде (Разрядная книга 1475–1598 гг. М., 1966. С. 173, 180, 184).
Землевладение
К 1576 г. лишился поместья в Дубровенском погосте Шелонской пятины, 24 выти (Новгородские писцовые книги. Т. V. СПб., 1905. С. 676, 677).
Семен, Прокофий, Павел Истомины дети Нащокины до 1550/1551 г. променяли деревни Кузнецово и Подосье (2,5 обжи) в Опоцком погосте у И. С. Ларивонова на деревни Заречье и в Жучке (2,5 обжи) в Щирском погосте Шелонской пятины (Писцовые книги Новгородской земли / Сост. К. В. Баранов. Т. 6. М., 2009. С. 36-37). За Семеном, Прокофием и Павлом Истомиными детьми было отцовское поместье 6 деревень с усадищем, 16 обеж в Щирском погосте. Также за ними деревни в Хмерском, Дубровенском, Опоцком и Щирском погостах. Всего 24 деревни, 75 обеж (Писцовые книги Новгородской земли / Сост. К. В. Баранов. Т. 6. М., 2009. С. 37, 57-58).
До 1572 г. Семен Нащокин утратил поместье в Хмерском погосте Шелонской пятины (РГАДА. Ф. 1209. Оп. 3. Д. 16931. Л. 226-228 об.).